L’hypothèse d’une occupation romaine à partir du II^e siècle ap. J.-C du golfe d’Ajaccio, offrant un mouillage aux bateaux parcourant le bassin occidental de la Méditerranée de l’Italie à l’Afrique du Nord, s’est trouvée confirmée par les dernières fouilles entreprises par l’équipe de l’Inrap lors d’une campagne de sauvetage avant la construction d’un immeuble et d’un parking souterrain sur l’espace Alban non loin de la gare. Cette campagne, réalisée du 14 mars au 10 juin 2005 sous la direction de Daniel Istria, a permis de mieux connaître l’histoire du site par la découverte d’un baptistère paléochrétien et d’une cathédrale du VI^e siècle, siège de l’évêché d’Ajaccio mentionné en 601 dans une lettre du pape Grégoire le Grand qui s’inquiète du manqué d’évêque. Les informations mentionnées ci-après sont reprises de l’ouvrage de D. Istria.

Le baptistère San Giovanni
Seule la partie méridionale du baptistère a été mise au jour et son plan est difficile à interpréter vu le mauvais état de conservation. Datant de la première moitié du VI^e siècle, l’édifice comporte une cuve baptismale disposée dans une abside tournée vers le Sud.
Cette cuve, de 2,68 m sur 1,39 m pour une profondeur de 1,24 m, permettait les baptêmes par immersion. Elle fut au cours du temps, et certainement à six reprises, transformée afin d’en réduire le volume. En communication avec le baptistère s’élevait une église construite, elle aussi, sur des édifices antérieurs. Seule la partie orientale a été dégagée : une abside semi-circulaire faite de galets et de moellons de granit.
L’établissement d’un siège épiscopal favorisa un développement artisanal et agricole mais, suite à un regroupement des évêchés autour de Mariana à la fin du VII^e-début du VIII^e siècle, Ajaccio fut rabaissée au rang de simple église baptismale tout comme Sagone.

Cathédrale Sant’Euphrasio e San Giovanni
Au XI^e siècle, toutefois, les cinq évêchés sont recréés, ce qui entraîna la construction d’une nouvelle cathédrale à Ajaccio. Il pourrait s’agir de l’édifice identifié en 1963 par des fouilles très rapides (trois jours) effectuées par G. Moracchini-Mazel sur le site Saint-Jean dans l’espoir de trouver la cathédrale paléochrétienne découverte ultérieurement en 2005 par Daniel Istria. Le premier travail entrepris lors des sondages anciens fut assez difficile car deux constructions avaient été édifiées sur les arases : le tombeau de la famille des Pugliesi-Conti (démonté dans les années 1960)  et la maison dite “maison rose”.  Un angle a pu être mis au jour, l’angle nord-est, ainsi que des pierres parfaitement équarries caractéristiques du XII^e siècle. Photo 3
Nul doute qu’il s’agisse là de l’emplacement de l’ancienne cathédrale dédiée à la fois à saint Jean-Baptiste et à saint Euphrase qui a été heureusement évoqué par Mgr Mascardi en 1587. Voici la description qu’il en donne  : “L’église paroissiale de San Giovanni Battista dénommée piévanie (plebania) d’Ajaccio est éloignée de la cité par plusieurs milles, elle a une nef unique…des murs en bon état, un pavement assez bon dans lequel il y a une clôture de pierre que l’on franchit par des marches. Vers l’autel, se trouve une sépulture qui s’élève au-dessus du pavement. Il y a des bancs tout autour de l’église, le toit est fait de dalles de pierre, un oculus existe au-dessus de la porte et deux fenêtres près de l’autel. La longueur de l’édifice est de 22 coudées (environ 11 m) et sa largeur de 10 coudées (environ 5 m). L’autel est long de 3 coudées et large d’une (environ 1,50 m sur 0,50 m)… Du côté de l’épitre se trouve un autre petit autel adossé au mur très étroit et démoli… Maintenant les paroissiens, au nombre de 56, résident à Ajaccio et reçoivent les sacrements dans la cathédrale des mains du piévan ; ils se font enterrer dans cette église San Giovanni Battista et dans le cimetière qui l’entoure…le revenu de cette piévanie atteint au maximum 300 livres de Gênes…”
Cette cathédrale d’environ 11 m sur 5 m, pour reprendre les mesures données par Mgr Mascardi,  était donc beaucoup plus modeste que celles du Nebbio (27,75 m sur 13,55 m) ou de Mariana (33 m sur 20 m) et se rapproche de celle de Sagone (20 m sur 8 m) : pas de bas-côtés et des proportions qui l’assimilent aux églises piévanes.
 côté de la cathédrale du XII^e siècle, l’ancien baptistère fut adapté à l’évolution des normes liturgiques : une nouvelle cuve baptismale fut aménagée à côté de la cuve d’origine paléochrétienne. Nettement plus petite, elle a la forme d’un bassin cylindrique, d’un diamètre de 0,80 m pour une profondeur de 0,28 m.
Un important cimetière était installé à proximité dès le V^e siècle et un édifice fut construit pour recevoir les tombes. Quatre-vingt-une sépultures, dont les plus récentes datent du XVI^e siècle, ont été découvertes par les opérations récentes d’archéologie préventive.

Le site Alban fut donc utilisé comme espace cultuel du VI^e au XVI^e siècles. Mgr della Foata, évêque d’Ajaccio à la fin du XIX^e siècle,  signale que l’église était encore debout en 1757 et qu’on employa les pierres de Saint-Euphrase dans une tour de l’horloge ainsi que dans les murs d’enceinte de la nouvelle ville d’Ajaccio et il ajoute :” il reste encore des vestiges de l’église Saint-Jean, qui était cathédrale et paroissiale en même temps, sous les oliviers qui avoisinent la chapelle sépulcrale de la famille Pugliesi, vers le fond méridional de la vallée qui porte toujours le nom de cette ancienne église ; la chapelle même occuperait une partie du chœur de l’ancienne cathédrale”  .

Lors de notre premier passage en 2014, le site était protégé par un toit et et les vestiges protégés en attendant la fin des travaux du projet immobilier. Suite au classement de 2013 et à de longs travaux, le projet de sauvegarder le baptistère comme témoin du site a abouti en 2025. Aujourd’hui, l ‘antiquarium présente, protégé par des parois de verre, les vestiges du baptistère paléochrétien. Une salle de médiation culturelle et de conférence y est attenante et, à l’extérieur, une petite place en gradins permet de disposer le public lors d’un exposé pédagogique tout en ayant vue sur les vestiges.