La pieve de Paomia était autrefois prospère et composée de nombreux villages ayant chacun une chapelle importante et regroupés autour de l’église piévane, San Giovanni Battista.
Les ruines de cette dernière sont masquées par un grand chêne occupant une bonne place sur le petit plateau qui surplombe légèrement la route D 181 venant de Cargèse. Elles se situent non loin de sentiers de randonnée à proximité immédiate d’une statue menhir découverte dans la région et placée là par sécurité.
L’endroit était donc déjà occupé à la préhistoire mais il souffrit au 16e siècle des invasions barbaresques comme en témoignent divers récits.
Mgr Guistiani (début 16e siècle) mentionne que la pieve de Paomia n’a plus qu’un village et l’historien Filipini citait, quelques décennies plus tard, Paomia parmi la centaine de villages razziés par les infidèles et abandonnés par les habitants. L’église est reconstruite et légèrement transformée à la fin du 17e siècle par la colonie grecque de Vitylo. Ce ne fut qu’en bref répit car, en 1731, elle souffrit de l’insurrection des Corses contre Gênes au point d’être définitivement abandonnée.
Les dessins réalisés par Bessières montrent qu’en 1856 l’abside était encore conservée sur une bonne hauteur puisqu’il dessine les trois fenêtres éclairant le chœur.
Prosper Mérimée note que cette abside devait être recouverte de fresques devenues méconnaissables et a été intrigué par une pierre sculptée présentant un bras et les doigts ouverts. Ce bloc, comme d’autres non sculptés, est aujourd’hui inséré dans un mur de Saint Spiridon, édifice construit en 1852.
Le dégagement (maison construite dans le chœur) et les fouilles menées en 1976 ont permis de mieux comprendre l’histoire de cet édifice qui présente un plan perturbé. Les travaux de la FAGEC et de l’association U Pumonte ont aussi permis de sauvegarder et de consolider les ruines.
L’édifice du 12e siècle, vers 1125, est à nef unique (17 m environ x 5,70), terminée par une abside à arc triomphal et voutée en cul de four dont le côté extérieur présente une moulure oblique. Il était éclairé par trois fenêtres meurtrières disposées dans l’abside et trois fenêtres ménagées dans chaque mur latéral. Ces fenêtres étaient surmontées d’archivoltes décorées de trois moulures concentriques très joliment travaillées pour les fenêtres de l’abside, plus rudimentaires pour les autres. Les douze archivoltes retrouvées ont été maçonnées sur place sur les différents murs.
Deux portes donnaient accès à l’intérieur : l’une à l’ouest, l’autre dans le mur sud.
Le chœur, légèrement surélevé, était pavé de dalles rouges sous lesquelles des traces de bois brûlés ont été découverts. Cela semble indiquer que l’édifice du 12e siècle remplace un édifice antérieur auquel appartiendrait un bloc sculpté réutilisé et décoré d’un agneau portant une croix.

Au 17e siècle, une colonie grecque venant de Vitylo reçut l’autorisation de s’installer dans la région de Cargèse et d’occuper les édifices abandonnés. Ils transformèrent les ruines de San Giovanni : ils gardent l’abside en modifiant la surélévation du chœur (sans doute pour y installer une iconostase), modifient la porte sud et raccourcissent la nef à 9m30 en construisant une nouvelle façade avec une porte occidentale non pas centrale mais dans l’angle nord-ouest.
Dans la dernière partie (la partie occidentale), ils aménagent une sorte d’atrium en réutilisant les banquettes romanes.

Plus tard, sans doute au 19e siècle, une habitation est construite vers l’abside (mur partiellement visible près de la porte sud).
Les archivoltes gravées sont intéressantes car elles présentent un point commun avec San Martino et San Giovanni de Sari d’Orcino. Il est séduisant de supposer que ces trois édifices ont été construits par la même équipe de maçons.