Située au centre de la vieille ville, l’église Sainte Majeure est un incontournable. Apparaissant dans un document de 1248, c’est le monument le plus ancien de la ville.
Commencée par les Pisans au 12e siècle, l’église fut terminée un siècle plus tard par les Génois, ce qui explique le mélange de style roman et gothique qui a tant frappé Mérimée traitant ce gothique de « bâtard ». Elle fut à maintes reprises modifiées notamment au 18e siècle. Une restauration toute récente lui a redonné tout son éclat (colmatage des infiltrations d’eau, reconstitution de la rosace, restauration du campanile…).

Au départ, Bonifacio dépendait du diocèse d’Ajaccio et formait une pieve à elle seule mais, en 1515, le pape accorda aux Bonifaciens de dépendre directement de l’archevêque de Gênes pour échapper aux guerres incessantes entre féodaux corses.
L’édifice est précédé d’une loggia à larges baies en plein cintre où se réunissait le conseil de la ville et où la justice était rendue. Il était donc le centre de la vie de la cité.
De plus, il contenait une relique de la vraie croix, sortie en procession les jours de grande tempête. Sous le dallage de la loggia, une citerne pouvait contenir 650m³ d’eau, alimentée par les toitures avoisinantes grâce aux arcs boutants permettant, en plus de leur rôle de soutien, d’acheminer l’eau de pluie.

L’église est intéressante car elle marque la charnière entre deux styles.
On reconnait dans le fronton occidental la traditionnelle arcature de petits arcs ici brisés reposant sur des modillons ornés de moulures ou de crochets. Une frise de fleurs stylisées à quatre pétales souligne le rampant du toit. Cette frise fait le tour de l’édifice soulignant les détails architecturaux.
Au centre du fronton construit de pierres calcaires blanc bien appareillées et disposées en assises d’égale épaisseur, une superbe rosace est entourée de pierres alternativement blanches et noires. Cette rosace a été entièrement restaurée.
De la loggia, trois portes surmontées d’un arc de décharge reposant sur un linteau, dont deux monolithes, donnent accès aux trois nefs terminées par des absides de dimensions inégales et couvertes par des croisées d’ogives de section rectangulaire sans clé de voûte.
A l’extérieur de l’abside nord-est se dresse un beau campanile édifié au 15e siècle.
Porte-drapeau de la ville, les Bonapartistes y hissèrent celui de l’empire à l’annonce du retour de Napoléon de l’île d’Elbe provoquant une canonnade qui endommagea le clocher. Seule la partie nord est intacte. La récente restauration a effacé les dégâts de cet épisode.
Les baies sont décorées d’entrelacs, de fleurs, symboles des évangélistes, l’agneau pascal. Ce motif se retrouve aussi sur le fronton de l’église Saint Jean, dans le bas de la rue Doria. Il proviendrait d’une des baies du campanile.
Face à la loggia, se dresse la maison des potestats, palais des représentants de Gênes et datant de la seconde moitié du 13e siècle.

Bonifacio, fondée au 9e siècle, fut repeuplée par les Génois à la fin du 12e siècle et fut fidèle à la République de Gênes, comme Calvi d’ailleurs.